Seit 2006 enthält das Thüringer Gesetz für Natur und Landschaft die Ermächtigung zur rechtsverbindlichen Festsetzung der Lebensraumtypen und Arten, die der Meldung der Natura 2000-Gebiete zugrunde liegen. Dies wurde mit der Natura 2000-Erhaltungsziele-Verordnung umgesetzt. Die Verordnungsermächtigung wurde auf Basis des damaligen Wissensstands formuliert. Mittlerweile ist, insbesondere aufgrund auch schriftlicher Äußerungen der EU-Kommission, deutlich geworden, dass bisher nur die Festsetzung von Natura 2000-Schutzgegenständen erfolgte, nicht jedoch diejenige der Erhaltungsziele. Dies ist aus Sicht der EU-Kommission jedoch erforderlich. Die Ermächtigungsgrundlage in § 26 a des Thüringer Gesetzes für Natur und Landschaft reicht dafür bisher nicht aus.
Die Festsetzung von verbindlichen Erhaltungszielen ist auch Inhalt des Vertragsverletzungsverfahrens 2014/2262 gegen Deutschland wegen nicht rechtzeitiger Umsetzung der FFH-Richtlinie. Gegenüber der EUKommission wurde für Thüringen als Zeitraum für diese Festsetzung das Jahr 2016 benannt.
Eine Lösung bietet die Erweiterung der Ermächtigungsgrundlage, so dass auch die Erhaltungsziele in der Natura 2000-Erhaltungsziele-Verordnung verbindlich festgesetzt werden können.
