Die Zielerreichung der EU-Wasserrahmenrichtlinie (2000/60/EG) bis 2015 wird im Umweltbericht des Regionalplans Ostthüringen für die Oberflächengewässer der Weißen Elster, der Talsperre Weida und der Talsperre Zeulenroda im Landkreis Greiz sowie der Flüsse Pleiße bis zur Talsperre Windischleuba, Schnauder, Gerstenbach, Sprotte und Wyhra im Landkreis Altenburg als "unwahrscheinlich" eingestuft. Gründe für die Belastung der Oberflächengewässer sind zum einen diffuse Nährstoffeinträge, insbesondere Phosphor und Stickstoff, aus der Landwirtschaft. Vor allem die Überdüngung der Böden mit Stickstoffdünger und Gülle führt zur Bildung von Nitrat, das über das Grundwasser und durch Bodenerosion in die Gewässer gelangt. Gemeinsam mit Phosphor führen die Stickstoffeinträge in Form von Nitrat in den Gewässern zur Nährstoffübersättigung, der Eutrophierung. Zum anderen sind die Oberflächengewässer der genannten Flüsse durch die punktuelle Einleitung von Abwässern aus kommunalen und industriellen Kläranlagen belastet. Bei der Weißen Elster spielt u.a. die Einleitung von Abwässern der Kläranlage des Chemieunternehmens Thioplast Chemicals GmbH & Co. KG in Greiz eine Rolle.
